Anohana mengisahkan tentang sekelompok anak yang sewaktu kecilnya bersahabat, namun hubungan mereka merenggang sejak salah satu dari mereka, Honma Meiko (Menma), nyemplung ke kali meninggal dunia. Kini mereka menjalani kehidupannya masing-masing tanpa pernah berinteraksi satu sama lain lagi. Hingga suatu hari, Jinta Yadomi (yang dulunya leader dari kelompok mereka) bertemu dengan “Arwah Menma”