Cerita Clannad berkisar tentang Tomoya Okazaki, siswa tingkat akhir SMA yang karena suatu alasan tertentu sangat membenci kota tempat tinggalnya. Suatu hari, di perjalanan menuju ke sekolah, dia bertemu dengan seorang cewek bernama Furukawa Nagisa. Tanpa alasan yang jelas, tiba-tiba Nagisa bergumam kalo dia sangat mencintai kota tempat tinggalnya … berbanding 180 derajat dengan apa yang dirasakan Tomoya.