Itsuka Shidou yang hidup normal sebagai seorang siswa SMA Raizen, bertemu pertama kali dengan Spirit bernama Tohka. Meskipun Spirits mungkin ditakuti dan dibenci karena kekuatan besar mereka, Spirits selalu sendirian. Dalam hidupnya, mereka hanya tahu bertempur dan kematian. Shidou, sebagai satu-satunya orang di dunia ini yang memiliki kemampuan untuk menyegel kekuatan Spirits, ia memutuskan untuk melibatkan dirinya dengan Spirits dan berharap dapat menyelamatkan mereka.