Cerita berlatar di Inggris setelah Perang Dunia I, Hugh Anthony Disward atau Huey, seorang mantan tentara suatu hari mendapat surat wasiat dari kakeknya yang telah meninggal bahwa dia mendapat warisan berupa sebuah mansion dan perpustakaan pribadinya. Akan tetapi, untuk bisa mendapat warisan itu, ia harus menjaga Dantalian no Shoka (Bibliotheca Mystica de Dantalian). Dantalian no Shoka adalah perpustakaan yang berisi 900.666 buku-buku yang memiliki kekuatan magis yang disebut Genshou (Phantom Books).