Anime ini berlatar di sebuah dunia fiksi dimana terdapat suatu species mutan mirip manusia yang disebut Diclonius. Diclonius memiliki sepasang tanduk di kepalanya dan memiliki tangan-tangan transparan yang disebut dengan Vectors — yang dapat dikendalikan secara telekinesis agar bisa memanipulasi dan memotong objek dalam radius tertentu. Cerita bermula ketika salah seorang/sesosok(?) Diclonius bernama Lucy mencoba kabur dari sebuah laboratorium eksperimen Diclonius.