Anime ini bercerita tentang Haruka Nanase, seorang cowok yang sangat menyukai air dan berbakat menajadi perenang. Tepat sebelum kelulusan di SD, dia bersama ketiga temannya : Rin Matsuoka; Nagisa Hazuki dan Makoto Tachibana, memenangkan perlombaan renang estafet. Setelah kemenangan di turnamen tersebut, mereka berempat pun berpisah. Dan selang beberapa tahun kemudian, mereka bertemu kembali sebagai siswa di SMA Iwatobi.