Handa-kun, sebagaimana judulnya, bercerita tentang Handa Seishu semasa SMA-nya, enam tahun sebelum cerita di Barakamon bermula. Di masa itu, Handa ialah seorang idola sekolah dengan banyak sekali memiliki keunggulan, terutama kemampuannya dalam kaligrafi, yang menyebabkan ia memiliki banyak penggemar maupun pesaing. Namun, Handa mengira bahwa perilaku teman-temannya dalam mengaguminya merupakan aksi bullying, dan Handa sendiri lebih ingin memiliki hidup yang tenang.