Hamatora The Animation berlatar di dunia fiksi di mana ada orang-orang yang dilahirkan dengan kekuatan khusus yang disebut Minimum — dan mereka disebut Minimum Holder. Nice dan Murasaki adalah Minimum Holder yang berasal dari Facultas Academy, sekolah khusus yang mencari dan mengembangkan kemampuan para Minimum Holder sejak mereka masih kecil. Mereka berdua membentuk duo detektif privat bernama Hamatora yang menyelesaikan kasus-kasus berdasarkan permintaan klien. Dan seringkali kasus-kasus yang harus mereka selesaikan berhubungan dengan para Minimum Holder.