Kyoukai no Kanata bercerita tentang seorang siswa SMA bernama Akihito Kanbara. Meskipun terlihat seperti siswa biasa, namun sebenarnya ia adalah manusia setengah Youmu yang kebal terhadap luka karena regenerasi tubuhnya yang cepat. Suatu hari, Akihito bertemu siswi bernama Mirai Kuriyama yang tampak akan bunuh diri dengan melompat dari atap sekolah.