Anime ini bercerita tentang suatu makhluk misterius yang disebut parasyte. Makhluk tersebut mampu mengambil alih seluruh tubuh manusia dengan cara menginfeksi otaknya. Ketika sudah berhasil mengambil alih tubuh manusia, parasyte punya kecenderungan untuk membunuh & memakan sesama manusia agar bisa bertahan hidup. Akibatnya, banyak manusia yang mati di tangan parasyte. Dan mirisnya, tidak ada satupun orang yang tau kalo pembunuhan itu ulahnya parasyte … Kecuali satu orang, Izumi Shinichi.