Anime ini berlatar pada periode Edo Jepang, di mana dunia sedang dilanda virus mematikan yang dapat membuat manusia berubah menjadi mayat hidup yang disebut ‘Kabane’. Kabane tidak membunuh manusia, melainkan membuat manusia yang sudah digigit berubah menjadi Kabane lain dan menyerang manusia yang masih normal. Penduduk yang masih selamat menggantungkan hidupnya di area stasiun yang dikelilingi oleh benteng yang kuat dan berpindah dari satu stasiun ke stasiun lainnya menggunakan kereta khusus ketika stasiun tempat tinggal mereka berhasil diterobos oleh Kabane.