Anime ini bercerita tentang kehidupan Kousaka Kyousuke yang sudah bertahun-tahun tak akur dengan adiknya sendiri, Kousaka Kirino. Suatu hari, Kyousuke menemukan DVD anime bertemakan Magical Girl yang berjudul Stardust Witch Meruru. Dan ternyata, di dalamnya terdapat game eroge dengan judul Love with Imouto (Bercinta dengan adik perempuan).