Kumashiro Maya pulang ke Waldstein Academy, atau yang juga disebut Occult Academy, untuk mengambil alih posisi kepala sekolah dari ayahnya yang baru saja meninggal dunia. Mendadak, dia bertemu dengan Uchida Fumiaki yang mengaku sebagai penjelajah waktu yang dikirim dari masa depan untuk mencegah “Ramalan Nostradamus” terjadi. Ramalan itu mengatakan bahwa Waldstein akan menjadi pusat kehancuran dunia. Cerita anime ini berpusat pada usaha Maya dan Fumiaki dalam memecahkan misteri ramalan tersebut.