Di masa depan, masalah krisis energi di bumi akhirnya terselesaikan ketika Professor Isshiki Kenjirou menciptakan Jigen Engine yang mampu menyuplai energi tanpa henti ke seluruh dunia. Penemuan tersebut berujung pada sebuah masa damai tanpa ada lagi pertempuran yang memperebutkan sumber daya alam. Namun kedamaian tersebut kemudian terancam ketika makhluk-makhluk misterius yang disebut Alone mendadak muncul dan mulai menyerang Jigen Engine.